Agernhuset er beliggende i Sulsted, hvor skolens kognitive bedste elever har sin daglige gang. Eleverne har oftest startet sin skolegang i almindelig folkeskole, men har ikke kunne opretholde aldersvarende skolegang på grund af deres autismespektrumforstyrrelse. De har typisk også en psykisk overbygning, såsom blandt andet OCD eller ADHD. Agernhuset tilbyder den enkelte elev et lille skolemiljø, hvor der er plads til eleverne og forståelse for deres udfordringer, hvilket gør, at de har lettere ved at trives. Trivsel er medvirkende til den enkelte elevs læring. 

Undervisningens fokusområder er at styrke elevernes skolefærdigheder og fremme deres sociale udvikling. Der tages udgangspunkt i en høj af struktur og forudsigelighed for at fremme den enkelte elevs udvikling og trivsel. Undervisningen er individuelt tilrettelagt med fokus på elevens styrkesider og udviklingspotentialer. Eleverne tilbydes alle skolefag, de deltager i nationale tests og nogle gennemfører folkeskolens prøver. 

Hver klasse har fælles undervisningslokale og fast afskærmede arbejdsplads til den enkelte elev, hvor nogle elever har fællesrum og andre har eget arbejdsrum. Derudover har Agernhuset køkkener til madlavning og fællesrum med blandt andet bordtennis. Af udearealer er der en dejlig stor have med plads til at boltre sig i, legeplads, multibane, to små trampoliner og bålplads.