Skolen var oprindeligt placeret på Birkehjemmet, Storemosevej 31, i Vodskov, hvor den administrativt hørte til Sandagerskolen i Nørresundby. Da Sandagerskolen blev nedlagt i 1990, overflyttede skolen til administrativt at høre under Løvvangsskolen i Nørresundby. Her fungerede skolen som en klasserække, hvor målgruppen var børn med autisme og lignende gennemgribende udviklingsforstyrrelser. Dengang var der 14 elever.

Da Birkehjemmet skulle omdannes til et bosted for børn med autisme, flyttede skolen til øverste etage i det tidligere sygehus ved Forsorgscentret på Bodil Hjorths vej 18. Da skolen flyttede udskrev Skolebestyrelsen en konkurrence om et navn til skolen, hvor der blev indsendt 23 navneforslag. ”Egebakken” var et af de indsendte navne og det blev foreslået på baggrund af det flotte egetræ foran bygningen.

Pr. 1 januar blev Egebakken en selvstændig amtskommunal skole, hvor der blev ansat en daglig leder, som havde tid til at tage sig af det specielle område omkring børn med autisme. Skolen havde navnet ”Egebakken Specialskole”. Da skolen blev selvstændig, besluttede man at tilbyde et helhedstilbud, der bestod af undervisning og fritidstilbud. Skolefritidsordningen startede op d. 1 august 1996 med 15 elever ud af de 20 elever, der var tilmeldt skolen.

Skoledelen og skolefritidsordningen delte lokaler på Bodil Hjorths vej, indtil man pr. 1 oktober 1997 kunne flytte skoledelen ind i Gennem Bakkerne 5. Skolefritidsordningen blev på Bodil Hjorths vej. Herefter voksede elevtallet og en gruppe elever med gennemgribende udviklingsforstyrrelser, der havde behov for TEACHH-pædagogikken og undervisning i små grupper blev henvist til Egebakken. Da der kom flere af denne type elever, blev Agernhuset i Sulsted indviet i april 2000, som en afdeling for elever med særlige psykiske udfordringer.

I 2004 flyttede skolefritidsordningen til Gennem Bakkerne 3, hvor skoledelen og skolefritidsordningen kunne samles omkring legepladsen. Da skolen overtog Gennem Bakkerne 3, måtte man afgive lokalerne på Bodil Hjorths vej.

I 2005 ændrede skolen navn til ”Egebakken” og i foråret 2005 indviede skolen gymnastiksalen på Storemosevej 6. Pr. 1 august 2005 blev skolefritidsordningen flyttet over i Gennem Bakkerne 5 for at give eleverne helhed i hverdagen.

Med strukturreformen og sammenlægningen af amterne i 2007 blev Egebakken en kommunal skole i stedet for en amtskommunal skole.